Protocolo de Patología Molecular (Biomarcadores) — Hospital de Dénia
Formulario
Identificación
Informado el
Hoy
Número de biopsia y bloque
Porcentaje de celularidad tumoral (%)
Número de células tumorales
Calidad de la muestra
Adecuada
Subóptima
Inadecuada
Post tratamiento
opcional
Sí
No
Desconocido
Recaída
opcional
Sí
No
Tiempo de fijación
opcional
Adecuado
Inadecuado
Desconocido
Decalcificación
opcional
Sí
No
Desconocido
Órgano / Tumor
Selección
Endometrio
Ovario
Melanoma
Urotelial
Esófago
Estómago
Vía biliar
Colorrectal
Cérvix
CNS
Próstata
Endocrino
Pulmón
Mama
Ovario — Seroso de alto grado
Estadio
Estadio 1-2
Estadio ≥3
Esófago — Histología
Histología
Escamoso
Adenocarcinoma
MSI
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
IHC (MMR)
PCR
NGS
Idylla™ MSI Test
Resultado Idylla
MSS (estable)
MSI-H
Resultado equívoco
Resultado (MMR)
pMMR (conservado)
dMMR (pérdida)
No evaluable
Proteínas con pérdida
MLH1
MSH2
MSH6
PMS2
Resultado (MSI)
MSS (estable)
MSI-L (baja)
MSI-H (alta)
No evaluable
POLE
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
NGS
Sanger
Idylla™ POLE-POLD1 Mutation Assay
Resultado Idylla
Mutaciones no detectadas
Variante patogénica (EDM) detectada
VUS detectada
Resultado equívoco
Resultado
Mutado (EDM)
No mutado
VUS
HER2 (IHC / ISH)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Plataforma
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Dako Autostainer Link 48
Leica Bond-III
Leica Bond-Max
Leica Bond-RX
Otro
Clon
4B5 (Ventana)
HercepTest (Dako)
A0485 (Dako, policlonal)
CB11
SP3
Otro
IHC
0
Sin tinción observable o tinción de membrana incompleta débilmente perceptible en ≤10% de células tumorales —
Negativa
1+
Tinción de membrana incompleta, débilmente perceptible, en >10% de células tumorales —
Negativa
2+
Tinción de membrana completa, débil o moderada, en >10% de células tumorales —
Equívoca
(requiere estudio ISH)
3+
Tinción de membrana completa, intensa y circunferencial en >10% de células tumorales —
Positiva
ND
No determinable (explicar)
ISH
Amplificado
No amplificado
Equívoco
No realizado
ISH — detalles
FISH
CISH
DISH
Vysis PathVysion HER-2 DNA Probe Kit (Abbott) — FISH
HER2 IQFISH pharmDx (Dako) — FISH
HER2 FISH pharmDx (Dako) — FISH
ZytoLight SPEC ERBB2/CEN 17 Dual Color — FISH
HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail (Ventana) — DISH
HER2 Dual ISH DNA Probe Cocktail (Dako) — DISH
ZytoDot 2C SPEC ERBB2 — CISH
SPoT-Light HER2 CISH Kit — CISH
Otro
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Leica Bond-III
Microscopio de fluorescencia
Otro
ER — Receptor de estrógeno (IHC)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Plataforma
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Dako Autostainer Link 48
Leica Bond-III
Leica Bond-Max
Leica Bond-RX
Otro
Clon
SP1
6F11
1D5
EP1
Otro
Resultado
Positivo (>10 %)
Positivo bajo (1–10 %)
Negativo (<1 %)
No puede determinarse
Cuantificación
Intensidad media…
1+
2+
3+
Allred
opcional
Controles (múltiple)
Interno ok
Interno no reactivo
Externo ok
Externo no reactivo
PgR — Receptor de progesterona (IHC)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Plataforma
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Dako Autostainer Link 48
Leica Bond-III
Leica Bond-Max
Leica Bond-RX
Otro
Clon
1E2
636
16
1A6
1294
312
Otro
Resultado
Positivo
Negativo (<1 %)
No puede determinarse
Cuantificación
Intensidad media…
1+
2+
3+
Allred
opcional
Controles (múltiple)
Interno ok
Interno no reactivo
Externo ok
Externo no reactivo
Ki-67 — Índice proliferativo (IHC)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Plataforma
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Dako Autostainer Link 48
Leica Bond-III
Leica Bond-Max
Leica Bond-RX
Otro
Clon
MIB1
SP6
MM1
30-9
IR / IS626
Otro
Cuantificación
PD-L1 (IHC)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Plataforma
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Dako Autostainer Link 48
Leica Bond-III
Leica Bond-Max
Leica Bond-RX
Otro
Clon / ensayo
PD-L1 22c3
PD-L1 28-8
PD-L1 SP142
PD-L1 SP263
Cuantificación
Resultado
Positivo
Negativo
No valorable
Controles (múltiple)
Interno ok
Interno no reactivo
Externo ok
Externo no reactivo
NGS (panel molecular)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Panel
Hallazgos
HRD
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Resultado
HRD positivo
HRD negativo
No evaluable
Plataforma / Score
BRCA germinal
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
BRCA1
Mutado
No mutado
VUS
BRCA2
Mutado
No mutado
VUS
Muestra
BRAF
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ BRAF Mutation Test
Idylla™ NRAS-BRAF Mutation Test
IHC (VE1)
PCR
NGS
Resultado Idylla
Mutaciones no detectadas
Mutación puntual
Variante:
V600E
V600K
V600R
V600D
Resultado equívoco
Resultado
V600E
V600K
Otra variante
No mutado / WT
KRAS
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ KRAS Mutation Test
PCR
NGS
Resultado Idylla
Mutaciones no detectadas
Mutación puntual
Variante:
G12C
G12D
G12V
G12S
G12A
G12R
G13D
G13C
Q61L
Q61H
A146T
Resultado equívoco
Resultado
Mutado
No mutado / WT
NRAS
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ NRAS-BRAF Mutation Test
PCR
NGS
Resultado Idylla
Mutaciones no detectadas
Mutación puntual
Variante:
G12C
G12D
G12V
G12S
G12A
G13D
G13R
Q61K
Q61L
Q61R
Q61H
Resultado equívoco
Resultado
Mutado
No mutado / WT
IDH1 / IDH2
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
IHC
PCR
NGS
Sanger
IDH1
Mutado
No mutado / WT
IDH2
Mutado
No mutado / WT
FGFR3
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
PCR
NGS
FISH
Resultado
Mutado
Fusión
No alterado / WT
EGFR (pulmón)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ EGFR Mutation Test
cobas® EGFR Mutation Test
PCR
Sanger
NGS
Resultado Idylla
Mutaciones no detectadas
Mutación puntual
Variante:
L858R
T790M
G719A/C/S
S768I
L861Q
Deleción del exón 19
Inserción del exón 20
Resultado equívoco
Resultado
ALK (pulmón)
Estado (molecular)
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ GeneFusion Assay
FISH
RT-PCR
NGS
Resultado Idylla
Fusión no detectada
Fusión detectada
Fusión:
EML4::ALK
KIF5B::ALK
KLC1::ALK
Otro
Resultado equívoco
Resultado
IHC ALK
Realizado
No realizado
Pendiente
Resultado IHC
Clon:
D5F3
5A4
ALK1
Otro
Plataforma:
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Dako Autostainer Link 48
Leica Bond-III
Leica Bond-Max
Leica Bond-RX
Otro
Negativa
Positiva
Equívoca
No puede determinarse
Control externo adecuado
ROS1 (pulmón)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ GeneFusion Assay
FISH
RT-PCR
NGS
Resultado Idylla
Fusión no detectada
Fusión detectada
Resultado equívoco
Resultado
RET (pulmón)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ GeneFusion Assay
FISH
RT-PCR
NGS
Resultado Idylla
Fusión no detectada
Fusión detectada
Resultado equívoco
Resultado
NTRK1/2/3 (pulmón)
Estado (molecular)
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ GeneFusion Assay
FISH
RT-PCR
NGS
Resultado Idylla
Fusión no detectada
Fusión detectada
Gen:
NTRK1
NTRK2
NTRK3
Resultado equívoco
Resultado
IHC NTRK
Realizado
No realizado
Pendiente
Resultado IHC
Clon:
pan-TRK (EPR17341)
A7H6R
Otro
Plataforma:
Ventana BenchMark Ultra
Ventana BenchMark XT
Ventana BenchMark GX
Dako Omnis
Dako Autostainer Link 48
Leica Bond-III
Leica Bond-Max
Leica Bond-RX
Otro
Negativa
Positiva
Equívoca
No puede determinarse
Control externo adecuado
NRG1 (pulmón)
Estado
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
FISH
RT-PCR
NGS
Resultado
Fusión no detectada
Fusión detectada
Resultado equívoco
MET (pulmón)
Estado (mutación)
Realizado
No realizado
Pendiente
Método
Idylla™ MET Mutation Test
PCR
Sanger
NGS
Resultado Idylla
Mutación exón 14 no detectada
Mutación exón 14 detectada
Otra mutación detectada
Resultado equívoco
Resultado
Amplificación / nº de copias
Realizado
No realizado
Pendiente
Método / resultado
FISH
NGS
qPCR
No amplificado
Amplificado
Equívoco
Derivación a centro de referencia
Muestra remitida
Se ha remitido la muestra a centro de referencia para estudio molecular
Centro de referencia
Hospital La Fe de Valencia
Hospital General de Valencia
Hospital General Universitario de Alicante
Observaciones
Notas
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